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Domain combinations for DNA polymerase III theta subunit-like superfamily in groups of genomes

Domain combinations in groups of genomes

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Domain combinations in individual genomes

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Complete genomes
Genome     Number   Proteins
Vibrio_sp._Ex25 1 1
Vibrio_anguillarum_775 1 1
Escherichia_blattae_DSM_4481 1 1
Cronobacter_turicensis_z3032 1 1
Cronobacter_sakazakii_ES15 1 1
Dickeya_zeae_Ech1591 1 1
Dickeya_dadantii_Ech703 1 1
Enterobacteriaceae_bacterium_strain_FGI_57 3 3
Pectobacterium_sp._SCC3193 2 2
Pectobacterium_wasabiae_WPP163 2 2
Pectobacterium_atrosepticum_SCRI1043 2 2
Pectobacterium_carotovorum_subsp._carotovorum_PC1 2 2
Sodalis_glossinidius_str._'morsitans' 1 1
Pantoea_sp._At-9b 2 2
Pantoea_vagans_C9-1 2 2
Pantoea_ananatis_LMG_20103 1 1
Wigglesworthia_glossinidia_endosymbiont_of_Glossina_brevipalpis 1 1
Rahnella_sp._Y9602 2 2
Rahnella_aquatilis_CIP_78.65_=_ATCC_33071 2 2
Photorhabdus_asymbiotica 1 1
Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1 1 1
Edwardsiella_ictaluri_93-146 1 1
Edwardsiella_tarda_EIB202 1 1
Yersinia_pseudotuberculosis_IP_31758 3 3
Yersinia_pestis_Pestoides_F 2 2
Yersinia_enterocolitica_subsp._enterocolitica_8081 2 2
Xenorhabdus_bovienii_SS-2004 1 1
Xenorhabdus_nematophila_ATCC_19061 1 1
Shigella_sonnei_Ss046 1 1
Shigella_flexneri_5_str._8401 1 1
Shigella_dysenteriae_Sd197 1 1
Shigella_boydii_CDC_3083-94 1 1
Serratia_sp._AS12 4 4
Serratia_sp._ATCC_39006 2 2
Serratia_plymuthica_AS9 4 4
Serratia_proteamaculans_568 3 3
Salmonella_bongori_NCTC_12419 1 1
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Paratyphi_C_strain_RKS4594 2 2
Providencia_stuartii_MRSN_2154 2 2
Proteus_mirabilis_HI4320 2 2
Klebsiella_variicola_At-22 3 3
Klebsiella_pneumoniae_NTUH-K2044 2 2
Klebsiella_oxytoca_E718 3 3
Escherichia_fergusonii_ATCC_35469 2 2
Escherichia_coli_'BL21-Gold(DE3)pLysS_AG' 1 1
Erwinia_tasmaniensis_Et1/99 1 1
Erwinia_sp._Ejp617 1 1
Erwinia_billingiae_Eb661 2 2
Erwinia_pyrifoliae_Ep1/96 1 1
Erwinia_amylovora_ATCC_49946 1 1
Enterobacter_sp._R4-368 1 1
Enterobacter_sp._638 2 2
Enterobacter_asburiae_LF7a 1 1
Enterobacter_cloacae_subsp._dissolvens_SDM 1 1
Enterobacter_aerogenes_KCTC_2190 2 2
Citrobacter_rodentium_ICC168 2 2
Citrobacter_koseri_ATCC_BAA-895 2 2

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Strains
Genome     Number   Proteins
Vibrio_sp._EJY3 1 1
Vibrio_anguillarum_Listonella_anguillarum_M3 1 1
Cronobacter_sakazakii_CMCC_45402 1 1
Cronobacter_sakazakii_SP291 1 1
Cronobacter_sakazakii_ATCC_BAA-894 1 1
Dickeya_dadantii_Ech586 1 1
Dickeya_dadantii_3937 1 1
Raoultella_ornithinolytica_B6 3 3
Pectobacterium_carotovorum_subsp._carotovorum_PCC21 2 2
Pantoea_ananatis_LMG_5342 2 2
Pantoea_ananatis_PA13 3 3
Pantoea_ananatis_AJ13355 1 1
Wigglesworthia_glossinidia_endosymbiont_of_Glossina_morsitans_morsitans_(Yale_colony) 1 1
Rahnella_aquatilis_HX2 2 2
Edwardsiella_tarda_C07-087 1 1
Edwardsiella_tarda_FL6-60 1 1
Yersinia_pseudotuberculosis_PB1/+ 2 2
Yersinia_pseudotuberculosis_YPIII 2 2
Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953 1 1
Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001 2 2
Yersinia_pestis_A1122 2 2
Yersinia_pestis_biovar_Medievalis_str._Harbin_35 2 2
Yersinia_pestis_Nepal516 2 2
Yersinia_pestis_Antiqua 2 2
Yersinia_pestis_Angola 2 2
Yersinia_pestis_CO92 2 2
Yersinia_pestis_KIM10+ 3 3
Yersinia_enterocolitica_subsp._palearctica_105.5R(r) 2 2
Yersinia_enterocolitica_subsp._palearctica_Y11 2 2
Shigella_sonnei_53G 1 1
Shigella_flexneri_2002017 1 1
Shigella_flexneri_2a_str._2457T 1 1
Shigella_flexneri_2a_str._301 1 1
Shigella_dysenteriae_1617 1 1
Shigella_boydii_Sb227 1 1
Serratia_sp._AS13 4 4
Serratia_plymuthica_S13 2 2
Serratia_plymuthica_4Rx13 2 2
Serratia_marcescens_FGI94 2 2
Serratia_marcescens_WW4 1 1
Serratia_liquefaciens_ATCC_27592 3 3
Salmonella_bongori_N268-08 3 3
Salmonella_enterica_subsp._arizonae_serovar_62:z4,z23:--_str._RSK2980 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_4,[5],12:i:-_str._08-1736 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Javiana_str._CFSAN001992 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Schwarzengrund_str._CVM19633 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_Serovar_Cubana_str._CFSAN002050 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Enteritidis_str._P125109 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Newport_str._USMARC-S3124.1 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Newport_str._SL254 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Dublin_str._CT_02021853 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_var._5-_str._CFSAN001921 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._U288 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._798 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._UK-1 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._ST4/74 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._T000240 3 3
Salmonella_enterica_The_genome_of__subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._DT2 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._D23580 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._SL1344 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._14028S 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_str._LT2 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhimurium_Definitive_Type_104 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._P-stx-12 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty21a 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2 2 2
Salmonella_enterica_serovar_Bovismorbificans_genomics 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Bareilly_str._CFSAN000189 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Agona_str._24249 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Agona_str._SL483 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Weltevreden_str._2007-60-3289-1 3 3
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Paratyphi_B_str._SPB7 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Paratyphi_A_str._AKU_12601 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Paratyphi_A_str._ATCC_9150 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_Serovar_Heidelberg_str._CFSAN002069 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Heidelberg_str._B182 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Heidelberg_str._41578 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Heidelberg_str._SL476 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Pullorum_str._S06004 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Gallinarum/pullorum_str._CDC1983-67 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Gallinarum/pullorum_str._RKS5078 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Thompson_str._RM6836 2 2
Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Gallinarum_str._287/91 2 2
Proteus_mirabilis_BB2000 1 1
Morganella_morganii_subsp._morganii_KT 2 2
Klebsiella_pneumoniae_JM45 3 3
Klebsiella_pneumoniae_CG43 2 2
Klebsiella_pneumoniae_KCTC_2242 2 2
Klebsiella_pneumoniae_342 3 3
Klebsiella_pneumoniae_subsp._pneumoniae_1084 2 2
Klebsiella_pneumoniae_subsp._pneumoniae_HS11286 3 3
Klebsiella_pneumoniae_subsp._pneumoniae_MGH_78578 5 5
Klebsiella_pneumoniae_subsp._rhinoscleromatis_SB3432 4 4
Klebsiella_oxytoca_KCTC_1686 2 2
Escherichia_coli_E._coli_PMV-1 1 1
Escherichia_coli_JJ1886 2 2
Escherichia_coli_LY180 1 1
Escherichia_coli_APEC_O78 1 1
Escherichia_coli_O7:K1_str._CE10 1 1
Escherichia_coli_O104:H4_str._2009EL-2050 1 1
Escherichia_coli_O104:H4_str._2009EL-2071 1 1
Escherichia_coli_O104:H4_str._2011C-3493 1 1
Escherichia_coli_NA114 2 2
Escherichia_coli_P12b 1 1
Escherichia_coli_str._'clone_D_i2' 1 1
Escherichia_coli_str._'clone_D_i14' 1 1
Escherichia_coli_UM146 1 1
Escherichia_coli_042 1 1
Escherichia_coli_Xuzhou21 1 1
Escherichia_coli_IHE3034 1 1
Escherichia_coli_UMNK88 1 1
Escherichia_coli_O83:H1_str._NRG_857C 1 1
Escherichia_coli_ABU_83972 1 1
Escherichia_coli_KO11FL 1 1
Escherichia_coli_KO11FL 1 1
Escherichia_coli_LF82 1 1
Escherichia_coli_ED1a 1 1
Escherichia_coli_IAI39 1 1
Escherichia_coli_UMN026 1 1
Escherichia_coli_55989 1 1
Escherichia_coli_S88 1 1
Escherichia_coli_IAI1 3 3
Escherichia_coli_W 1 1
Escherichia_coli_W 1 1
Escherichia_coli_DH1 1 1
Escherichia_coli_DH1 1 1
Escherichia_coli_ATCC_8739 1 1
Escherichia_coli_BL21(DE3) 1 1
Escherichia_coli_BL21(DE3) 1 1
Escherichia_coli_SMS-3-5 1 1
Escherichia_coli_SE15 1 1
Escherichia_coli_SE11 2 2
Escherichia_coli_UTI89 1 1
Escherichia_coli_536 1 1
Escherichia_coli_HS 1 1
Escherichia_coli_E24377A 2 2
Escherichia_coli_ETEC_H10407 1 1
Escherichia_coli_O55:H7_str._RM12579 2 2
Escherichia_coli_O55:H7_str._CB9615 1 1
Escherichia_coli_O26:H11_str._11368 1 1
Escherichia_coli_CFT073 1 1
Escherichia_coli_O111:H-_str._11128 1 1
Escherichia_coli_O127:H6_str._E2348/69 1 1
Escherichia_coli_O157:H7_str._TW14359 1 1
Escherichia_coli_O157:H7_str._EC4115 1 1
Escherichia_coli_O157:H7_str._Sakai 1 1
Escherichia_coli_O157:H7_str._EDL933 1 1
Escherichia_coli_str._K-12_substr._MDS42 1 1
Escherichia_coli_BW2952 1 1
Escherichia_coli_str._K-12_substr._MG1655 1 1
Escherichia_coli_str._K-12_substr._W3110 1 1
Escherichia_coli_str._K-12_substr._DH10B 1 1
Escherichia_coli_B_str._REL606 1 1
Erwinia_pyrifoliae_DSM_12163 1 1
Erwinia_amylovora_CFBP1430 1 1
Enterobacter_cloacae_SCF1 2 2
Enterobacter_cloacae_subsp._cloacae_ENHKU01 1 1
Enterobacter_cloacae_subsp._cloacae_ATCC_13047 3 3
Enterobacter_aerogenes_EA1509E 4 4

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Others
Genome     Number   Proteins
NCBI_plasmid_sequences_(Plasmids) 45 45
Protein_Data_Bank_(all_PDB_sequenc) 7 7
TargetDB__(Targets) 1 1
UniProt__viral_sequences_(Viral) 1 1
STRING_v9.0.5_(STRING) 138 138
Uniprot_2014_06 4919 4919
NCBI_viral_sequences_(Viral) 4 4
PDB_chains_(SCOP_1.75)_(PDB) 2 2

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